A seguito della "riforma Basaglia", adottata con legge 180 del 1978, gli ospedali psichiatrici della penisola, affidati istituzionalmente alle Province, persero il loro ruolo di cittadelle blindate per aprirsi al nuovo corso gestionale di trattamento della malattia mentale. Di fatto, tali strutture non più utilizzate in ragione degli obiettivi iniziali, si sono rese disponibili per un loro diverso uso funzionale, con destinazioni variegate a seconda delle singole realtà.
A Trieste, in particolare, essendo la riforma Basaglia partita proprio da questa città (dapprima in forma sperimentale e successivamente entro i binari della legge che ne è scaturita), l'Amministrazione Provinciale, con una delibera del 1980, sanciva le cessate funzioni dell’Ospedale Psichiatrico Provinciale, le quali venivano assunte dall’ Azienda territoriale per i Servizi Psichiatrici n° 1-Triestina. Attuale direttore dell'Azienda è il dott. Franco Rotelli.
La chiesa triestina, preso atto della deistituzionalizzazione degli ospedali psichiatrici in Strutture territoriali, ha adeguato l’assistenza religiosa ai malati di mente alla nuova realtà.

Il Vescovo mons. Lorenzo Bellomi, in data 10 aprile 1981 incaricò il sacerdote don Simeone Musich a svolgere tale assistenza religiosa nel costituito Dipartimento di salute mentale con il titolo di “incaricato diocesano alla assistenza religiosa nel D.S.M. di Trieste”.
Istituito il Servizio Sanitario Nazionale, con la legge 23.12.1978, n°833, il territorio e gli edifici ex manicomiali, passarono in gestione all’Azienda territoriale.
La Provincia di Trieste rivendicò e riservò per sé l’edificio falegnameria (a lato della chiesa), e dopo la ristrutturazione della ex falegnameria in abitazione, consegnò i due edifici, che rimangono in proprietà della Provincia, in uso alla Diocesi per la continuità del ministero pastorale.

COMPITI e FUNZIONI DEL VICARIATO DOPO LA "RIFORMA BASAGLIA"

Il Vicariato del Buon Pastore non venne soppresso dall'Autorità ecclesiastica.

Il Vescovo Mons. Bellomi delineò due funzioni da affidare al Vicario.

La chiesa del Buon Pastore rimase luogo di culto e centro di vita spirituale per una nuova comunità di fedeli che prevedibilmente si formerà con l'apertura del comprensorio all'esterno e con l'insediamento di attività operative e culturali all'interno. Doveva diventare, in secondo luogo, perno del coordinamento dell'assistenza religiosa nei Centri di salute mentale, distribuiti su tutto il territorio provinciale.

Il Vicario, nel progetto del vescovo, assunse la responsabilità di ambedue le funzioni in quanto vicario e in quanto "incaricato diocesano all'assistenza religiosa nel Dipartimento di salute mentale di Trieste".